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京都御所や相国寺から徒歩15分程の所にこの神社がある。神社の名前の通り、無実であるにも関わらず流刑や処断された人物みたいなのを祀り怒りを沈めようとして創建されたのが由来である。また、応仁の乱においては御霊の森にて畠山同士の家督相続による合戦の火蓋が開かれている。
大学がいくつか所在する中で、静かに佇んでいるような寺社。しかし、実は不遇のうちに亡くなった高貴な方々の怨念を鎮めるために設けられた神社です。
見た目とても質素な感じの神社ですが、由緒を見ると歴史は古く皇室の崇敬が厚く、朝廷から庶民に至るまで広く信仰を集めたようです。御霊合戦の石碑がある場所には、応仁の乱勃発の地と言うことが書かれており、ここ上御霊神社境内から応仁の乱が始まったことを知りました。