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JR(南武線基準)と東急線では乗り換えに標準4分、急ぎで3分ほど時間を要します。また、JR線内では南武線と横須賀線(または相鉄直通線)と標準8分、急いで5分ほど時間を要しますので、乗り換えの際は路線ごとに十分確認をすることを勧奨します。2022年4月からホームドアが南武線ホームに設置されました。JRのエキナカはイベントスペース(南武線側改札)以外はトイレぐらいしかありませんが、横須賀線側はおよび東急線は、エキナカこそそこまでの差はないもの、駅前の店舗はなり充実しています。また、近々(2023年度目標)横須賀線側出口にも東横線との連絡通路ができる予定です。
駅全体の他路線への接続等はとても良いと思います。横須賀線、湘南新宿ライン、南武線、東急目黒線、東急東横線に接続し、目黒線は更に三田線に乗り入れるものと南北線に乗り入れるものが交互にあります。
乗り入れている路線がとても多く、南武線・湘南新宿ライン・横須賀線・埼京線・成田エクスプレス・踊り子号・相鉄線・東急東横線・東急目黒線・みなとみらい線・東武東上線・西武池袋線・東京メトロ副都心線・東京メトロ南北線・都営三田線・埼玉高速鉄道の16路線もあるので、様々な電車が頻繁に入線してきて、東急東横線・目黒線の上りの行き先は合わせて20種類以上あるので、注意が必要です。
南武線及び東急線から横須賀線及び埼京線、湘南新宿ラインに乗り継ぐのは基本はうーんと言うところです、距離も理由で周辺全体が武蔵小杉なのは分かるが駅としては横須賀線及び埼京線、湘南新宿ラインは武蔵小杉と名乗らなくても良いのでは一瞬感じ取れるのも、それこそふつうに小杉駅又は○小杉駅(武蔵小杉)と言うのも不思議というのも、横須賀線の駅は撮影には良いのも