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単式ホームと島式ホームの合計2面3線を持つ駅。全ての特急宇和海が停車するが伊予灘ものがたりは通過する。駅前すぐのところに伊予鉄道の郡中港駅がある。
駅前の通りは「花かつお通り」と名付けられています。伊予市は花かつおの生産量が全国の約四割で、マルトモ、ヤマキなど有名なメーカーの本社があります。
電化の終端で松山近郊の端でもある。伊予鉄道郡中港駅はすぐ側にある。列車の本数は伊予鉄道の方が圧倒的に多くJRは特急を含めてもその半分位しかない。
伊予鉄郡中港駅よりは大きいですが、松山駅への列車の本数はが伊予鉄よりかなり少ないです。一方、伊予鉄は松山市まで490円ですが、JRは260円と安くなっています